Столкнулся с проблемой, когда надо на разные виртуалхосты повесить разные сертификаты SSL. Апач в любом случае берет первый сертификат из конфига и ставит его на все виртуальные SSL-хосты (домены).

Долго я бился с этой гадостью, пока мне не подсказал один хороший человек (Sergey, спасибо тебе), в какую сторону копать. Оказывается, что SSL не позволяет по стандарту в Апач прикрутить более одного сертификата. Для того, чтобы это заработало надо к Апачу собрать модуль mod_gnutls. Он как раз и позволяет это все реализовать.