Ну и вообще, сильно помогает google с текстом сообщения типа "file was
not signed with a known key. Check if the proper gpg key was imported to
your keyring. site:altlinux.ru", там можно найти много похожих случаев,
включая некорректные сигнатуры.

Как правило, причин у проблемы три: сломанный репозитарий, серьезное
обновление репозитария (как правило, в Сизифе) и попытка прыгнуть в
другой репозитарий (например, с Компакта в Мастера или с Мастера в
Сизиф). В первом случае поможет только время, а во втором и третьем
случае должно помочь (все вместе):

1. rpm -U alt-gpgkeys

2. rpm -e --nodeps apt-conf-*

Здесь * -- имя репозитария, который был у Вас раньше. Это может быть
sisyphus, compact, master, 3.0 и еще что-нибудь. Точно можно проверить с
помощью

rpm -qa|grep apt-conf


3. rpm -i apt-conf-*

Здесь * -- имя репозитария, на который происходит переход. Я так понял,
в Вашем случае это apt-conf-Master.

Если происходит переход в пределах одного репозитария, то можно обойтись
чем-то вроде

rpm -U apt-conf-Master


но иногда это не срабатывает (почему -- пока не разобрался)

4. После таких плясок нужно проверить /etc/apt/sources.list и
/etc/apt/vendors.list -- могут возникнуть проблемы с ключами. Если
таковые возникнут, то есть два способа: убрать в sources.list
обозначение [alt] вообще (будет отключена проверка ключей) или подобрать
подходящего вендора.